冬虫夏草和蛹虫草是两种不同的物种，它们在多个方面存在本质区别。以下是它们之间的主要区别：

学名和分类：

冬虫夏草的学名为Cordyceps sinensis，属于冬虫夏草科（Ophiocordycipitaceae）下的一种真菌。而蛹虫草的学名为Ophiocordyceps sinensis，属于蛹虫草科（Cordycipitaceae）下的一种真菌。尽管它们的学名中都有"sinensis"，但它们属于不同的科。

寄主和生长环境：

冬虫夏草在自然界中寄生于蛾子（蛾科昆虫）的幼虫体内。它主要分布在亚洲高海拔地区，如中国青海、西藏、四川等地。蛹虫草则寄生于蚕科昆虫（如家蚕）的幼虫体内，主要分布在中国、尼泊尔、印度等地。

形态特征：

冬虫夏草在寄生蛾子幼虫体内，通过菌丝在宿主体内生长形成一个由菌丝构成的菌核，外部呈现出纤细、弯曲的形态，类似于虫子。蛹虫草在寄生蚕科昆虫幼虫体内，也通过菌丝生长，但其形态较为直立，外观更类似于干瘪的梗。

科学研究和商业利用：

由于冬虫夏草的稀缺性和药用价值，它受到了广泛的科学研究和商业利用。很多研究致力于探究其生长环境、生物活性成分和药理作用。蛹虫草的研究相对较少，主要集中在其形态特征、生长环境和营养成分等方面。

综上所述，冬虫夏草和蛹虫草在学名分类、寄主和生长环境、形态特征、药用价值、科学研究等多个方面存在明显的本质区别。尽管它们都属于冬虫夏草目下的真菌，但由于不同的寄主和生态环境，它们具有一些细微差异，包括外观特征、药用效果以及科学研究的重视程度。